یکی از عوامل آلودگی میکروبی فرآورده های غذایی در مرحله فرآوری، قرار گرفتن در معرض هوای آلوده محیط و تأخیر در طول خطوط تولید می باشد. هوای سالن های تولید می تواند شامل انواعی متنوعی از میکروارگانیسم ها باشد که به طرق مختلف از جمله عدم وجود سیستم تهویه مناسب، عدم رعایت بهداشت فردی پرسنل، قرارگیری مراکز تولید در نزدیکی محیط های آلوده از جمله ( مراکز تخله زباله، فاضلاب، دامداری ها و ...) وارد هوا شوند. به منظور بررسی این نوع آلودگی های میکروبی و تأثیر پذیری آلودگی نهایی محصول تولیدی میتوان از تست های میکروبی مناسب استفاده کرد. بدین منظور میتوان با استفاده از پلیت های حاوی محیط های کشت غیر انتخابی و بعضا انتخابی مورد استفاده جهت تست های میکروبی محصولات غذایی و قرار دادن در بخش های مختلف سالن تولید طبق قاعده (1:1:1) "به معنای مدت زمان یک ساعت، به ارتفاع یک متر از سطح زمین و فاصله یک متر از دیوار" و سپس انتقال پلیت ها به دمای مناسب (کپک ها و مخمرها دمای 25 درجه سانتی گراد، باکتری ها دمای 37 درجه سانتی گراد) به مدت 48 ساعت برای انواع باکتری ها و سه تا پنج روز برای کپک و مخمر ها، انواع آلودگی موجود در هوای سالن تولید را بررسی نمود. جهت تعیین تراکم اسپورهای قارچی و باکتری های پراکنده در هوا میتوان از پمپ های نمونه برداری هوا که تعیین کننده حجم هوای عبوری در بازه زمانی مشخص می باشد و نهایتا محاسبه تعداد میکروارگانیسم در هر متر مکعب هوای محیط استفاده کرد.